Bevor er zum Institut für die Wissenschaften vom Menschen (IWM) kam, war Vejvoda Senior Vice President beim German Marshall Fund (GMF). Von 2003 bis 2010 war er geschäftsführender Direktor von Balkan Trust for Democracy des GMF. Vejvoda war in den 1990er Jahren eine Schlüsselfigur der demokratischen Oppositionsbewegung in Jugoslawien und hat zahlreiche Publikationen zu den Themen demokratischer Übergang, Totalitarismus und Wiederaufbau nach dem Krieg auf dem Balkan veröffentlicht.